Czerwiec to pierwszy w roku miesiąc, w którym w Santander można spodziewać się ładnej pogody. Robi się tam wówczas ciepło, chociaż na zbyt wiele gorących dni nie ma co liczyć. Średnia maksymalna temperatura dobowa w Santander w czerwcu to niecałe 22°C. Noce i poranki są przeważnie niezbyt ciepłe, z temperaturami w okolicach 10-15°C. Jest całkiem dużo dni słonecznych, z bezchmurnym niebem lub umiarkowanym zachmurzeniem. W najgorętsze dni temperatura po południu może wzrastać powyżej 35°C. Pobyt w Santander w czerwcu mogą nieco zepsuć opady deszczu. W całym miesiącu odnotowuje się tam 7-8 dni deszczowych. Woda w morzu nie zachęca do kąpieli, jej temperatura nie przekracza w czerwcu 18°C.