We wrześniu w San Sebastián wciąż można liczyć na sporo dni z ładną pogodą. Jeszcze na początku miesiąca temperatury powietrza są zwykle przyjemne, zarówno w ciągu dnia jak i po zmroku. Czasami maksymalna temperatura po południu przekracza 30°C. Zwykle jednak wynosi około 25°C. W pierwszej połowie września minimalne, nocne temperatury powietrza nie spadają poniżej 15°C. Z dużym zachmurzeniem i możliwością opadów deszczu w okolicach San Sebastián należy się liczyć od początku września. Z reguły nie są to opady intensywne. Dużo częściej pada w drugiej połowie miesiąca. Pod koniec miesiąca w San Sebastián powinno się zdecydowanie ochładzać. W ciągu dnia temperatura może nie przekraczać 20°C, a minimalne temperatury nad ranem często wynoszą 10-15°C. Woda w morzu na tamtejszym wybrzeżu wciąż nadaje się do kąpieli, a jej temperatura we wrześniu wynosi od 22°C na początku miesiąca do 20°C pod jego koniec.