Pogodę w San Sebastian w czerwcu charakteryzuje duża ilość słonecznych i ciepłych dni, ale także sporo deszczowych i chłodnych. Średnia maksymalna temperatura dobowa wynosi wówczas zaledwie 20°C, chociaż zdarzają się także upały z temperaturą dochodzącą do 35°C. Często występującą skrajnością są w tym miesiącu dni bardzo zimne, podczas których temperatura po południu nie dochodzi nawet do 15°C. W czerwcu w San Sebastian lubi popadać, a duże zachmurzenie może utrzymywać się nawet przez cały tydzień. Noce są chłodne lub umiarkowanie ciepłe z temperaturą dochodzącą do niespełna 15°C. Odczucie zimna po zmroku lub podczas chłodniejszych dni zwiększa wilgotność powietrza wynosząca tam w czerwcu powyżej 80%. Temperatura wody w zatoce wynosi od około 18°C na początku miesiąca do 20°C pod koniec miesiąca.
